Lãnh thổ Liên bang Labuan bao gồm đảo Labuan (75 km²) và 6 hòn đảo khác nhỏ hơn là Pulau Burung, Pulau Daat, Pulau Kuraman, Pulau Papan, Pulau Rusukan Kecil, và Pulau Rusukan Besar (Bản thân từ "Pulau" đã có nghĩa là "đảo"). Tổng diện tích lãnh thổ là 92 km². Lãnh thổ nằm cách bờ biển đảo Borneo chỉ 8 km, nằm sát bang Sabah của Malaysia và đất nước Brunei. Hòn đảo Labuan chủ yếu là đồng bằng và đồi núi thấp với điểm cao nhất chỉ là 85 mét. Có tới trên 70% diện tích của đảo là cây cối. Bandar Labuan, từng được gọi là Victoria là đô thị chính và đối diện với Vịnh Brunei. Lãnh thổ Labuan có các chuyến phà nối với Brunei và Kota Kinabalu, ngoài ra còn có Sân bay Labuan.

Khí hậu